Каким периодом вносить изменения в учет в случае аннулирования поставки и транспортных расходов?

Добрый день!
Мы (ООО на ОСНО) транзитом от поставщика передаем сырье на фабрику для дальнейшей переработки.
Поставщик выставляет нам счета-фактуры на покупку сырья. Фабрика (подрядчик по договору переработки и агент по агентскому договору по транспортным расходам) оформляет акты приема-сдачи сырья, перевыставляет от поставщиков транспортных услуг транспортные расходы и выставляет агентское вознаграждение.

Закрывая май, на руках в бухгалтерии был один вариант актов приема-сдачи сырья. Все объемы покупки сырья, его переработки, а также начальные и конечные остатки в актах соответствовали бухучету.
 
Спустя некоторое время, руководством было принято управленческое решение аннулировать часть поставок сырья от поставщика, так как наш поставщик решил это сырье не продавать нам, а переработать для себя.

Затем, не поставив бухгалтерию в известность, были переподписаны акты приема-сдачи сырья ЗА МАЙ с учетом изменений. И, как следствие, данные в актах не сходятся с нашим учетом.

В связи с этими изменениями должны быть аннулированы счета-фактуры на поставку сырья, счета-фактуры по транспортным расходам на отмененную партию сырья, исправлено агентское вознаграждение, а также учет в мае должен соответствовать второму варианту подписанных актов. 

Я сторонник внесения исправлений с отражением всех "следов".  Руководство разрешает вносить правки в мае, как будто так все и было изначально.
При таких условиях акты будут идти с учетом. Но я предполагаю, что наши контрагенты выставят исправления к счетам-фактурам за май В ИЮНЕ.

Так как с такой ситуацией я столкнулась впервые, прошу дать совет как все-таки отразить в учете все изменения.
 
Спасибо!